如果单纯从实力来说，最强的专业就是武器系统工程专业，武器学科拥有两位院士，全国排名稳居第一，就业主要去军工单位。如果从学科实力、就业率与就业层次三方面综合来说，南理工比较好的依次是自动化、通信工程、电气工程及其自动化、计算机科学与技术、应用化学等专业。自动化专业在全国排名靠前，毫不逊于哈工大、北航、上海交大、北理工的自动化，曾名列全国第二。光电工程、动力工程、通信工程、材料、化工专业都很强，武器、火药更是全国第一。
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