比较工科类的学科，两校工科实力在伯仲之间，华中科技大学在机械、光学、电气实力强劲，而东南大学则是交通、生医、建筑、电子的强校。医学上，华中科技大学在4个一级学科上都非常强大，而东南大学则实力明显弱小。可见两校合并的医学院实力差距明显。理学上，两校实力都偏弱。华中科技大学在数学、物理、化学上都略微强点，东南大学在生物学上比较工科类的学科，两校工科实力在伯仲之间，华中科技大学在机械、光学、电气实力强劲，而东南大学则是交通、生医、建筑、电子的强校。医学上，华中科技大学在4个一级学科上都非常强大，而东南大学则实力
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